Genetički testovi – sekvenciranje – što/kako/zašto smo bolji

Kliničko sekvenciranje je metoda kojom se analizira DNA pacijenta u sklopu genetičkog testiranja. Genetičkim testovima u Poliklinici Breyer mogu se analizirati regije za kodiranje proteina (egzoni) u genima po izboru, nekodirajuće regije između egzona (introni) i mitohondrijska DNA.

Što testirati: gen, panel ili egzom?

Opseg sekvenciranja, tj. odabir genetičke pretrage, ovisi o potrebama pacijenta i značaja rezultata u prognozi, dijagnozi i/ili terapiji za pacijenta i članove njegove obitelji. U Poliklinici Breyer moguće su razne vrste analiza:

• analiza jedne mutacije u jednom genu (size XS)
• analiza egzona i introna jednog gena (size S)
• analiza egzona i introna kod nekoliko do više stotina gena odjednom koji su grupirani u klinički relevantne panele (size M/L )
• analiza egzona i introna svih gena, tj. egzoma i mitohondrijske DNA (size XL)

Ako niste sigurni koja analiza je najbolja za Vas, savjetovati se možete kod genetičkog savjetnika u Poliklinici Breyer, uz prethodnu rezervaciju termina.

Kako prepoznati kvalitetan genetički test? 

Da bi se točno detektirale nasljedne mutacije u podacima dobivenima sekvenciranjem, potrebno je dubinski očitati, odnosno sekvencirati DNA pacijenta. Što je očitanje dublje, tj. što je više puta očitana ista baza u DNA, to je statistički sigurnije da je detektirana mutacija zaista prisutna. Iako su dublja očitanja skuplja i generiraju značajno više podataka za analizu i interpretaciju od strane genetičara, također garantiraju kvalitetu nalaza i sigurnost u točnost rezultata. Tijekom genetičkih analiza u Poliklinici Breyer, u prosjeku ≥ 99,6 % baza pokriveno je najmanje 20 puta, što daje visoke vrijednosti za specifičnost i osjetljivost testa, odnosno smanjuje mogućnost lažno negativnih rezultata. 

Što daje sigurnost u rezultate genetičkog nalaza?

U dobroj kliničkoj praksi, sve vrste mutacija koje se detektiraju metodom sekvenciranja sljedeće generacije (engl. Next Generation Sequencing / NGS), potvrđuju se dodatnom metodom koja se standardno koristi u kliničkim molekularno-dijagnostičkim laboratorijima. Kod genetičkih testova koji se rade u Poliklinici Breyer, svaka pronađena promjena potvrđuje se jednom ili kombinacijom metoda koje se smatraju „zlatnim standardom“ u dijagnostici genetskih promjena: Sanger sekvenciranje, lančana reakcija polimerazom (engl. droplet Polymerase Chain Reaction / dPCR), analiza velikih delecija i duplikacija (engl. Copy Number Variation / CNV).

Što je mitohondrijska DNA i zašto se analizira?

Mutacije u mitohondrijskoj DNA (mtDNA) uzrokuju različite bolesti u čovjeka jer ona kodira 13 proteina, razne RNA molekule i nekoliko regulacijskih enzima. Za razliku od genomske DNA, koja se nalazi u jednoj kopiji u svakoj stanici, mitohondrijska DNA (mtDNA) je manja i u stanici se nalazi u više kopija. Zbog toga kod pacijenta može postojati mješavina mtDNA sa i bez patogene mutacije, što se naziva heteroplazmija. Što je genetički test bolji, heteroplazmiju može otkriti u nižem postotku. Klinički genetički testovi najčešće uopće ne analiziraju mtDNA, a ako ju analiziraju, detektiraju heteroplazmiju od 20 % naviše. Test koji se provodi u Poliklinici Breyer može detektirati heteroplazmiju već od vrlo niskih 5 %. To znači da ako samo 5 % mitohondrija pacijenta ima mutaciju koja uzrokuje bolest, istu je moguće detektirati i prijaviti u nalazu. Ovo je moguće zato što se svaka baza u mtDNA počita barem 1000 puta, uz prosječna očitanja od 9362 puta po bazi.

Kada i zašto odabrati analizu egzoma?

Analiza egzoma ima veliku kliničku korist i maksimalan dijagnostički učinak kod pacijenata s rijetkim bolestima. Genetički savjetnici i specijalisti često preporuče analizu egzoma za dijagnozu rijetkih nasljednih poremećaja i bolesti čiji se simptomi mogu javiti već u ranoj životnoj dobi.

Sekvenciranje egzoma u Poliklinici Breyer ima poboljšanu pokrivenost izazovnih gena i identifikaciju gotovo 2000 klinički relevantnih nekodirajućih varijanti. Analiza mitohondrijske DNA automatski je uključena u svaku analizu egzoma. Kod interpretacije nalaza, izuzetno je važan tim za analizu rezultata koji mora sveobuhvatno pristupiti tumačenju rezultata testa. Tijekom analize egzoma često se nailazi na kompleksne slučajeve s atipičnim pozitivnim rezultatima te je vrlo važno imati na raspolaganju tim genetičara koji će pravilno interpretirati rezultate pacijenta i olakšati postupak genetičkog savjetovanja nakon testiranja.

Transparetnost i povjerenje

S obzirom na dugogodišnje iskustvo Poliklinike Breyer u medicinskoj dijagnostici, svakako postoji svijest o transparentnosti prema pacijentima. Dvije važne stavke uzimaju se u obzir prilikom pristupanja pacijentu koji želi genetičko testiranje: 

1. Svaki test nije koristan svakom pacijentu

S obzirom na ponudu tržišta te odnos cijene i dobivenog, u Poliklinici Breyer se uvijek ide na ruku pacijentu. Genetičko savjetovanje nakon testiranja uključeno je u cijenu većine genetičkih testova. Savjetovanje je moguće i prije testiranja te pacijenti nakon procesa savjetovanja često donesu drugačiju, informiranu odluku o testiranju. Ponekad odaberu fokusirani, manji panel od planiranog, a ponekad se odluče proširiti analizu jer bi to moglo pomoći u razjašnjavanju dijagnoze i/ili pomoći drugim članovima obitelji. 

Cilj Poliklinike Breyer je da pacijent radi genetički test jednom u životu, tj. jednom tijekom procesa dijagnoze oboljenja. Od kliničkog je značaja odabrati kvalitetan genetički test kojim će se analizirati i prijaviti svi dijelovi gena, razne vrste mutacija i svi pronalasci. Često se javljaju pacijenti koji su već napravili genetičko testiranje, ali ono nije obuhvatilo sve klinički značajne gene ili analiza nije bila adekvatne kvalitete, npr. nisu analizirani introni, test ne podržava analizu mikrodelecija /mikroduplikacija, nisu prijavljene varijante nepoznatog značaja itd. Bilo koji genetički test koji je dostupan u Poliklinici Breyer daje najopsežiju trenutno dostupnu kliničku analizu, stoga možete biti sigurni da će Vaš nalaz biti potpun.

2. Svaki dijagnostički test, tako i genetički, ima tehnička ograničenja

Na nalazima su jasno naznačeni geni ili pozicije koje su, iz tehničkih razloga, problematične za analizu te kako takav pronalazak interpretirati. Kompleksne sekvence patogenih gena se analiziraju dodatnim metodama kako bi se pacijentu omogućio najkvalitetniji i najtočniji mogući nalaz.